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Muchos microorganismos utilizan la fermentación como mecanismo de producción de energía en forma de ATP. La energía se obtiene a través de la degradación de moléculas orgánicas, como el almidón o el azúcar, a través de la fermentación.

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Las levaduras realizan la fermentación de azúcares y los convierten en alcoholes, mientras que las bacterias convierten ciertos carbohidratos en ácido láctico. La fermentación ocurre también en frutas, hongos y en los músculos de los mamíferos.

Este proceso natural de fermentación ha sido muy utilizado por el hombre moderno para obtener productos de interés, como la cerveza, el vino, el yogurt y los quesos, entre otros. El estudio de la fermentación se llama cimología.